A FUNDECIT rege-se pelo seu Estatuto Orgânico (Decreto Presidencial n.º 178/21 de 16 de Julho), ao abrigo das Regras dos Institutos Públicos (Decreto Legislativo Presidencial n.º 2/20 de 19 de Fevereiro), e demais legislação aplicável. Constituem referências fundamentais para a sua actuação, a trilogia composta pela Politica Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação – PNCTI (Decreto Presidencial n.º 201/11 de 20 de Julho), a Estratégia Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação – ENCTI (Decreto Presidencial n.º 196/11 de 11 de Julho) e o Mecanismo de Coordenação do Sistema Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação – MCSNCTI (Decreto Presidencial n.º 224/11 de 11 de Agosto), complementada mais recentemente pelo Regime Jurídico do Sistema Nacional de Ciência Tecnologia e Inovação – RJSNCTI (Decreto Presidencial n.º 261/21 de 3 de Novembro).